1 ـ الأبحاث المفيدة في تحصيل العقيدة.
2 ـ أجوبة مسائل السيد مهنا بن سنان المدني.
3 ـ أجوبة مسائل أخرى له أيضا.
4 ـ الأدعية الفاخرة المنقولة عن الأئمة الطاهرة.
5 ـ أربعون مسألة في أصول الدين.
6 ـ إرشاد الأذهان إلى أحكام الإيمان.
7 ـ استقصاء الاعتبار في تحرير معاني الأخبار.
8 ـ استقصاء النظر في القضاء والقدر.
9 ـ الأسرار الخفية في العلوم العقلية.
10 ـ الإشارات إلى معاني الإشارات.
11 ـ الألفين الفارق بين الصدق والمين.
12 ـ أنوار الملكوت في شرح الياقوت.
13 ـ إيضاح الاشتباه في أسماء الرواة.
14 ـ إيضاح التلبيس من كلام الشيخ الرئيس.
15 ـ إيضاح مخالفة أهل السنة للكتاب والسنة.
16 ـ إيضاح المعضلات من شرح الإشارات.
17 ـ إيضاح المقاصد من حكمة عين القواعد.
18 ـ الباب الحادي عشر في أصول الدين.
19 ـ بسط الإشارات في شرح إشارات ابن سينا.
20 ـ بسط الكافية اختصار شرح الكافية.
21 ـ تبصرة المتعلمين في أحكام الدين.
22 ـ تحرير الأبحاث في معرفة العلوم الثلاث.
23 ـ تحرير الفتاوي والأحكام.
24 ـ تحصيل السداد في شرح واجب الاعتقاد.
25 ـ تذكرة الفقهاء.
26 ـ تسبيل الأذهان إلى معرفة أحكام الإيمان.
27 ـ تسليك الأفهام في معرفة الأحكام.
28 ـ تسليك النفس إلى حظيرة القدس.
29 ـ التعليقة على كتاب أوائل المقالات للشيخ المفيد.
30 ـ التعليقة على خلاف الشيخ.
31 ـ التعليقة على شرحه للتجريد.
32 ـ التعليقة على عدة الشيخ.
33 ـ التعليقة على المعارج.
34 ـ التعليقة على المعتبر.
35 ـ التعليم الثاني العام.
36 ـ تلخيص شرح نهج البلاغة لميثم البحراني.
37 ـ تلخيص فهرست الشيخ.
38 ـ تلخيص المرام في تنقيح تلخيص المرام ، ولعل نفس كتاب غاية الأحكام الآتي.
39 ـ تنقيح قواعد الدين المأخوذة عن آل يس.
40 ـ تهذيب الوصول إلى علم الأصول.
41 ـ تهذيب النفس في معرفة المذاهب الخمس.
42 ـ جامع الأخبار أو مجامع الأخبار.
43 ـ جواهر المطالب في فضائل أمير المؤمنين 7.
44 ـ الجوهر النضيد في شرح منطق التجريد.
45 ـ حل المشكلات من كتاب التلويحات.
46 ـ خلاصة الأخبار.
47 ـ خلاصة الأقوال في معرفة الرجال.
48 ـ الدر المكنون في علم القانون.
49 ـ الدر والمرجان في الأحاديث الصحاح والحسان.
50 ـ رسالة في تحقيق معنى الإيمان.
51 ـ رسالة في التناسب .

52 ـ رسالة في جواب سؤالين لرشيد الدين فضل الله الهمداني.
53 ـ رسالة في حكمة النسخ.
54 ـ رسالة في خلق الأعمال.
55 ـ الرسالة السعدية في الكلام.
56 ـ رسالة في شرح الكلمات الخمس لأمير المؤمنين (ع) في جواب صاحبه كميل بن زياد.
57 ـ رسالة في نية الصلاة.
58 ـ رسالة في واجبات الوضوء والصلاة.
59 ـ شرح حكمة الإشراق.
60 ـ غاية الأحكام في تنقيح تلخيص المرام.
61 ـ غاية الوصول في شرح مختصر الأصول.
62 ـ قواعد الأحكام في معرفة الحلال والحرام.
63 ـ القواعد الجلية في شرح رسالة الشمسية.
64 ـ القواعد والمقاصد في المنطق والطبيعي والإلهي.
65 ـ القول الوجيز في تفسير الكتاب العزيز.
66 ـ كاشف الأستار في شرح كشف الأسرار.
67 ـ كشف الحق ونهج الصدق.
68 ـ كشف الخفاء من كتاب الشفاء.
69 ـ كشف الفوائد في شرح قواعد العقائد.
70 ـ كشف المراد في شرح تجريد الاعتقاد.
71 ـ كشف المشكلات في كتاب التلويحات.
72 ـ كشف المقال في معرفة الرجال.
73 ـ كشف المكنون من كتاب القانون.
74 ـ كشف اليقين في فضائل أمير المؤمنين (ع).
75 ـ لب الحكمة.
76 ـ المباحث السنية والمعارضات النصيرية.
77 ـ مبادئ الوصول إلى علم الأصول.
78 ـ محصل الملخص.
79 ـ مختلف الشيعة في أحكام الشريعة.
80 ـ مدارك الأفهام.
81 ـ مراصد التدقيق ومقاصد التحقيق.
82 ـ مصابيح الأنوار.
83 ـ المعتمد في فقه الشريعة.
84 ـ المقاصد الواقية لفوائد القانون والكافية.
85 ـ المقاومات.
86 ـ مقصد الواصلين في معرفة أصول الدين.
87 ـ معارج الفهم في شرح النظم.
88 ـ مناهج اليقين.
89 ـ منتهى المطلب في تحقيق المذهب.
90 ـ منتهى الوصول إلى علم الكلام والأصول.
91 ـ نظم البراهين في أصول الدين.
92 ـ النكت البديعة في تحرير الذريعة.
93 ـ نهاية الإحكام في معرفة الأحكام ، وهو هذا الكتاب الذي بين يديك.
94 ـ نهاية المرام في علم الكلام.
95 ـ نهاية الوصول إلى علم الأصول.
96 ـ نهج الإيمان في تفسير القرآن.
97 ـ نهج العرفان في علم الميزان.
98 ـ نهج المسترشدين في أصول الدين.
99 ـ نهج الوصول إلى علم الأصول.
100 ـ النهج الوضاح في الأحاديث الصحاح.